Dalam Peraturan Menteri Keuangan (PMK) No. 17/2013 s.t.d.t.d PMK 18/2021, pemerintah mengatur tata cara pemeriksaan dimana Dirjen pajak berwenang melakukan pemeriksaan dengan tujuan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan dan/atau untuk tujuan lain dalam rangka melaksanakan ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan.
Pemeriksaan merupakan serangkaian kegiatan menghimpun dan mengolah data, keterangan, dan/atau bukti yang dilaksanakan secara objektif dan profesional berdasarkan suatu standar pemeriksaan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan dan/atau untuk tujuan lain.
Pada umumnya, pemeriksaan untuk menguji kepatuhan perpajakan dilakukan kepada Wajib Pajak yang masuk ke dalam kriteria sebagai berikut:
- Wajib Pajak yang mengajukan permohonan pengembalian kelebihan pembayaran pajak seperti yang terdapat di dalam Pasal 17B UU KUP
- Adanya data konkret yang menyebabkan pajak yang terutang tidak atau kurang dibayar
- Wajib Pajak menyampaikan SPT yang menyatakan lebih bayar, selain yang mengajukan permohonan pengembalian kelebihan pembayaran pajak
- Wajib Pajak yang telah diberikan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak
- Wajib Pajak menyampaikan SPT yang menyatakan rugi
- Wajib Pajak melakukan penggabungan, peleburan, pemekaran, likuidasi, pembubaran, atau akan meninggalkan Indonesia untuk selamanya
- Wajib Pajak melakukan perubahan tahun buku atau metode pembukuan atau karena dilakukannya penilaian kembali aktiva tetap
- Wajib Pajak tidak menyampaikan atau menyampaikan SPT tetapi melampaui jangka waktu yang telah ditetapkan dalam surat teguran yang terpilih untuk dilakukan pemeriksaan berdasarkan analisis risiko
- Wajib Pajak menyampaikan SPT yang terpilih untuk dilakukan pemeriksaan berdasarkan analisis risiko
- Pengusaha Kena Pajak (PKP) tidak melakukan penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau Jasa Kena Pajak dan telah diberikan pengembalian Pajak Masukan atau telah mengkreditkan Pajak Masukan seperti yang terdapat di dalam Pasal 9 ayat (6e) UU PPN.